為整合國內產官學研的資源與力量，促進台日間科技交流與合作，中華經濟研究院於2003年起編組設立「中華經濟研究院日本中心」，以高階性、整合性、策略性的思維來推動台日科技交流事項，以達到提高台日科技交流層級及落實實質合作關係的目的。