為整合國內產官學研的資源與力量，促進台日間科技交流與合作，政府於 2003 年 4 月在亞東關係協會下設置科技交流委員會，邀集國內產、官、學、研代表組成委員會，由當時中華經濟研究院董事長蕭萬長先生擔任主任委員，並委由中華經濟研究院執行，以高階性、整合性、策略性的思維來推動台日科技交流事項，以達到提高台日科技交流層級及落實實質合作關係的目的。